| 種名 | 科名 | 属名 | 学名 |
| コゴメビエ | イネ科 | コゴメビエ属 | Paspalidium distans |
| コゴメマンネングサ | ベンケイソウ科 | マンネングサ属 | Sedum uniflorum |
| コシアブラ | ウコギ科 | ウコギ属 | Acanthopanax sciadophylloides |
| コシオガマ | ゴマノハグサ科 | コシオガマ属 | Phtheirospermum japonicum |
| コシガヤホシクサ | ホシクサ科 | ホシクサ属 | Eriocaulon heleocharioides Satake |
| コシジシモツケソウ | バラ科 | シモツケソウ属 | Filipendula auriculata |
| コシダ | ウラジロ科 | コシダ属 | Dicranopteris linearis |
| コシノカンアオイ | ウマノスズクサ科 | カンアオイ属 | Heterotropa megacalyx |
| コシノコバイモ | ユリ科 | バイモ属 | Fritillaria japonica Miq. var. kidzumiana (Ohwi) Hara et Kanai |
| コシノチャルメルソウ | ユキノシタ科 | チャルメルソウ属 | Mitella koshiensis |
| コシノヒガンザクラ | バラ科 | サクラ属 | Cerasus spachiana var. koshiensis |
| コショウノキ | ジンチョウゲ科 | ジンチョウゲ属 | Daphne kiusiana Miq. |
| コシロネ | シソ科 | シロネ属 | Lycopus cavaleriei |
| コシンジュガヤ | カヤツリグサ科 | シンジュガヤ属 | Scleria parvula |
| コスズメガヤ | イネ科 | スズメガヤ属 | Eragrostis poaeoides |
| コスズメノチャヒキ | イネ科 | スズメノチャヒキ属 | Bromus inermis |
| コスミレ | スミレ科 | スミレ属 | Viola japonica |
| コスミレサクラ | スミレ科 | スミレ属 | Viola japonica |
| コセリバオウレン | キンポウゲ科 | オウレン属 | Coptis japonica var. major |
| ゴゼンタチバナ | ミズキ科 | ゴゼンタチバナ属 | Chamaepericlymenum canadense |
| コセンダングサ | キク科 | センダングサ属 | Bidens pilosa |
| コダイコンソウ | バラ科 | ダイコンソウ属 | Geum japonicum var. iyoanum |
| コタニワタリ | チャセンシダ科 | チャセンシダ属 | Asplenium scolopendrium |
| コタヌキラン | カヤツリグサ科 | スゲ属 | Carex doenitzii |
| コチャルメルソウ | ユキノシタ科 | チャルメルソウ属 | Mitella pauciflora Rosend. |
| コツクバネウツギ | スイカズラ科 | ツクバネウツギ属 | Abelia serrata |
| コツブキンエノコロ | イネ科 | エノコログサ属 | Setaria pallidefusca |
| コツブヌマハリイ | カヤツリグサ科 | ハリイ属 | Eleocharis parvinux |
| コツボゴケ | チョウチンゴケ科 | ツルチョウチンゴケ属 | Plagiomnium acutum |
| コテングクワガタ | ゴマノハグサ科 | クワガタソウ属 | Veronica serpyllifolia L. |
| ゴテンバイノデ | オシダ科 | イノデ属 | Polystichum x yuyamae |
| コトウカンアオイ | ウマノスズクサ科 | カンアオイ属 | Asarum majale |
| コナギ | ミズアオイ科 | ミズアオイ属 | Monochoria vaginalis |
| コナスビ | サクラソウ科 | オカトラノオ属 | Lysimachia japonica |
| コナミキ | シソ科 | タツナミソウ属 | Scutellaria guilielmii A.Gray. |
| コナラ | ブナ科 | コナラ属 | Quercus serrata |
| コニシキソウ | トウダイグサ科 | ニシキソウ属 | Chamaesyce maculata |
| コヌカグサ | イネ科 | ヌカボ属 | Agrostis gigantea |
| コノテガシワ | ヒノキ科 | コノテガシワ属 | Platycladus orientalis |
| コバイケイソウ | ユリ科 | シュロソウ属 | Veratrum stamineum |
| コハウチワカエデ | カエデ科 | カエデ属 | Acer sieboldianum |
| コバギボウシ | ユリ科 | ギボウシ属 | Hosta sieboldii f. lancifolia |
| コハコベ | ナデシコ科 | ハコベ属 | Stellaria media (L.) Villars |
| コハシゴシダ | ヒメシダ科 | ヒメシダ属 | Thelypteris angustifrons |
| コバトベラ | トベラ科 | トベラ属 | Pittosporum parvifolium |
| コバナナベワリ | ビャクブ科 | ナベワリ属 | Croomia saitoana |
| コバノアカテツ | アカテツ科 | アカテツ属 | Planchonella obovata var. dubia |
| コバノアマミフユイチゴ | バラ科 | キイチゴ属 | Rubus amamianus var. minor |
| コバノイチヤクソウ | イチヤクソウ科 | イチヤクソウ属 | Pyrola alpina |
| コバノカナワラビ | オシダ科 | カナワラビ属 | Arachniodes sporadosora (Kunze) Nakaike |
| コバノガマズミ | スイカズラ科 | ガマズミ属 | Viburnum erosum var. punctatum |
| コバノカモメヅル | ガガイモ科 | カモメヅル属 | Cynanchum sublanceolatum |
| コバノカンアオイ | ウマノスズクサ科 | カンアオイ属 | Asarum variegatum |
| コバノズイナ | ズイナ科 | ズイナ属 | Itea virginica |
| コバノスナゴケ | ギボウシゴケ科 | シモフリゴケ属 | Racomitrium barbuloides |
| コバノセンダングサ | キク科 | センダングサ属 | Bidens bipinnata |
| コバノタツナミ | シソ科 | タツナミソウ属 | Scutellaria indica var. paruifolia |
| コバノチョウセンエノキ | ニレ科 | エノキ属 | Celtis biondii Pampan |
| コバノトンボソウ | ラン科 | ツレサギソウ属 | Platanthera tipuloides var. niponica |
| コバノミツバツツジ | ツツジ科 | ツツジ属 | Rhododendron reticulatum |
| コバノミヤマノボタン | ノボタン科 | ハシカンボク属 | Bredia okinawensis |
| コハマギク | キク科 | キク属 | Chrysanthemum yezoense |
| コハマナス | バラ科 | バラ属 | Rosa x iwara |
| コバンコナスビ | サクラソウ科 | オカトラノオ属 | Lysimachia nummularia |
| コバンソウ | イネ科 | コバンソウ属 | Briza maxima L. |
| コバンノキ | トウダイグサ科 | コミカンソウ属 | Phyllanthus flexuosus |
| コヒガンザクラ | バラ科 | サクラ属 | Prunus subhirtella Miq. |
| コヒガンバナ | ヒガンバナ科 | ヒガンバナ属 | Lycoris radiata var. pumila |
| コヒルガオ | ヒルガオ科 | ヒルガオ属 | Calystegia hederacea |
| コブクザクラ | バラ科 | サクラ属 | Prunus x Kobuku-zakura |
| コブシ | モクレン科 | モクレン属 | Magnolia praecocissima |
| コフジウツギ | フジウツギ科 | フジウツギ属 | Magnolia kobus |
| コブシモドキ | モクレン科 | モクレン属 | Magnolia pseudokobus |
| コフタバラン | ラン科 | サカネラン属 | Listera cordata var. japonica |
| コブナグサ | イネ科 | コブナグサ属 | Arthraxon hispidus |
| コヘラナレン | キク科 | アゼトウナ属 | Crepidiastrum grandicollum |
| コボタンヅル | キンポウゲ科 | センニンソウ属 | Clematis apiifolia var. biternata |
| コマガタケスグリ | スグリ科 | スグリ属 | Ribes japonicum |
| ゴマギ | ガマズミ科 | ガマズミ属 | Viburnum sieboldii |
| ゴマギク | キク科 | ゴマギク属 | Parthenium hysterophorus |
| コマクサ | ケシ科 | コマクサ属 | Dicentra peregrina |
| ゴマクサ | ゴマノハグサ科 | ゴマクサ属 | Centranthera chevalieri Bonati |
| コマツカサススキ | カヤツリグサ科 | クロアブラガヤ属 | Scirpus fuirenoides Maxim. |
| コマツナギ | マメ科 | コマツナギ属 | Indigofera pseudo-tinctoria |
| コマツヨイグサ | アカバナ科 | マツヨイグサ属 | Oenothera laciniata |
| ゴマナ | キク科 | シオン属 | Aster glehnii var. hondoensis |
| ゴマノハグサ | ゴマノハグサ科 | ゴマノハグサ属 | Scrophularia buergeriana |
| コマユミ | ニシキギ科 | ニシキギ属 | Euonymus alatus f. ciliatodentatus |
| コミカンソウ | トウダイグサ科 | コミカンソウ属 | Phyllanthus urinaria |
| コミダケシダ | オシダ科 | カツモウイノデ属 | Ctenitis iriomotensis |
| コミネカエデ | カエデ科 | カエデ属 | Acer micranthum |
| コミヤマカタバミ | カタバミ科 | カタバミ属 | Oxalis acetosella |
| コミヤマスミレ | スミレ科 | スミレ属 | Viola maximowicziana |
| コミヤマハンショウヅル | キンポウゲ科 | センニンソウ属 | Clematis alpina var. fauriei |
| コムラサキ | シソ科 | ムラサキシキブ属 | Callicarpa dichotoma |
| コメガヤ | イネ科 | コメガヤ属 | Melica nutans |
| コメツガ | マツ科 | ツガ属 | Tsuga diversifolia |
| コメツツジ | ツツジ科 | ツツジ属 | Rhododendron tschonoskii |
| コメツブウマゴヤシ | マメ科 | ウマゴヤシ属 | Medicago lupulina |
| コメツブツメクサ | マメ科 | シャジクソウ属 | Trifolium dubium |
| コメナモミ | キク科 | メナモミ属 | Siegesbeckia pubescens |
| コメバツガザクラ | ツツジ科 | コメバツガザクラ属 | Arcterica nana |
| コメヒシバ | イネ科 | メヒシバ | Digitaria timorensis |
| コモウセンゴケ | モウセンゴケ科 | モウセンゴケ属 | Drosera spathulata |
| コモチシダ | シシガシラ科 | コモチシダ属 | Woodwardia orientalis |
| コモチマンネングサ | ベンケイソウ科 | マンネングサ属 | Sedum bulbiferum |
| コヤシタヌキマメ | マメ科 | タヌキマメ属 | Crotalaria assamica |
| コヤブタバコ | キク科 | ヤブタバコ属 | Ｃarpesium cernuum |
| コヤブニッケイ | クスノキ科 | クスノキ属 | Cinnamomum pseudopedunculatum |
| コヤブラン | ユリ科 | ヤブラン属 | Liriope spicata |
| ゴヨウイチゴ | バラ科 | キイチゴ属 | Rubus ikenoensis |
| コヨウラクツツジ | ツツジ科 | ヨウラクツツジ属 | Menziesia pentandra |
| コリヤナギ | ヤナギ科 | ヤナギ属 | Salix koriyanagi Kimura |
| ゴンズイ | ミツバウツギ科 | ゴンズイ属 | Euscaphis japonica |
| コンテリクラマゴケ | イワヒバ科 | イワヒバ属 | Selaginella uncinata |
| コンロンソウ | アブラナ科 | タネツケバナ属 | Cardamine leucantha |
| サイカチ | マメ科 | サイカチ属 | Gleditsia japonica |
| サイゴクイノデ | オシダ科 | イノデ属 | Polystichum pseudomakinoi |
| サイゴクミツバツツジ | ツツジ科 | ツツジ属 | Rhododendron nudipes Nakai |
| サイジョウコウホネ | スイレン科 | コウホネ属 | Nuphar japonicum var. saijoense |
| サイハイラン | ラン科 | サイハイラン属 | Cremastra appendiculata |
| サイヨウシャジン | キキョウ科 | ツリガネニンジン属 | Adenophora triphylla |
| サカキ | モッコク科 | サカキ属 | Cleyera japonica |
| サカゲイノデ | オシダ科 | イノデ属 | Polystichum retrosopaleaceum |
| サカネラン | ラン科 | サカネラン属 | Neottia nidus-avis var. mandshurica |
| サガミギク | キク科 | シオン属 | Aster ageratoides var. harae |
| サガミジョウロウホトトギス | ユリ科 | ホトトギス属 | Tricyrtis ishiiana |
| サガミランモドキ | ラン科 | シュンラン属 | Cymbidium aberrans |
| サガリバナ | サガリバナ科 | サガリバナ属 | Barringtonia racemosa |
| サギゴケ | ゴマノハグサ科 | サギゴケ属 | Mazus miquelii form. albiflorus |
| サキシマエノキ | ニレ科 | エノキ属 | Celtis biondii var. insularis |
| サキシマツツジ | ツツジ科 | ツツジ属 | Rhododendron amanoi |
| サキシマフヨウ | アオイ科 | フヨウ属 | Hibiscus makinoi |
| サギスゲ | カヤツリグサ科 | ワタスゲ属 | Eriophorum gracile |
| サギソウ | ラン科 | ミズトンボ属 | Habenaria radiata |
| サクユリ | ユリ科 | ユリ属 | Lilium auratum var. platyphyllum |
| サクライバラ | バラ科 | バラ属 | Rosa multiflora var. carnea |
| サクラオグルマ | キク科 | オグルマ属 | Inula x yosezatoana |
| サクラガンピ | ジンチョウゲ科 | ガンピ属 | Diplomorpha pauciflora |
| サクラゲンカイツツジ | ツツジ科 | ツツジ属 | Rhododendron macronulatum x tashiroi |
| サクラスミレ | スミレ科 | スミレ属 | Viola hirtipes |
| サクラソウ | サクラソウ科 | サクラソウ属 | Primula sieboldii |
| サクラダソウ | キキョウ科 | ミゾカクシ属 | Lobelia nummularia |
| サクラタチツボスミレ | スミレ科 | スミレ属 | Viola grypoceras f. rosipetala |
| サクラタデ | タデ科 | イヌタデ属 | Polygonum conspicuum |
| サクラツツジ | ツツジ科 | ツツジ属 | Rhododendron tashiroi |
| サクラバハンノキ | カバノキ科 | ハンノキ属 | Alnus trabeculosa Hand.-Mazz. |
| サクラバラ | バラ科 | バラ属 | Rosa uchiyamana |
| サクララン | キョウチクトウ科 | サクララン属 | Hoya carnosa |
| ザクロソウ | ザクロソウ科 | ザクロソウ属 | Mollugo stricta |
| サケバサワヒヨドリ | キク科 | ヒヨドリバナ属 | Eupatorium lindleyanum var. lindleyanum |
| ササクサ | イネ科 | ササクサ属 | Lophatherum gracile |
| ササバエンゴサク | ケシ科 | ケマン属 | Corydalis lineariloba |
| ササバギンラン | ラン科 | キンラン属 | Cephalanthera longibracteata |
| ササバモ | ヒルムシロ科 | ヒルムシロ属 | Potamogeton malaianus |
| ササユリ | ユリ科 | ユリ属 | Lilium japonicum |
| サザンカ | ツバキ科 | ツバキ属 | Camellia sasanqua Camellia |
| サジオモダカ | オモダカ科 | サジオモダカ属 | Alisma plantago-aquatica var. orientale |
| サジガンクビソウ | キク科 | ヤブタバコ属 | Carpesium glossophyllum |
| ザゼンソウ | サトイモ科 | ザゼンソウ属 | Symplocarpus renifolius Schott ex Miq. |
| サダソウ | コショウ科 | サダソウ属 | Peperomia japonica |
| サタツツジ | ツツジ科 | ツツジ属 | Rhododendron sataense |
| サツキ | ツツジ科 | ツツジ属 | Rhododendron indicum |
| サツキヒナノウスツボ | ゴマノハグサ科 | ゴマノハグサ属 | Scrophularia musashiensis Bonati |
| サツマイナモリ | アカネ科 | サツマイナモリ属 | Ophiorrhiza japonica |
| サツマカンザクラ | バラ科 | サクラ属 | Cerasus 'Satsuma-kanzakura' |
| サツマサンキライ | ユリ科 | シオデ属 | Smilax bracteata |
| サツマスゲ | カヤツリグサ科 | スゲ属 | Carex ligulata |
| サツマノギク | キク科 | キク属 | Chrysanthemum ornatum |
| サツマハギ | マメ科 | ハギ属 | Lespedeza thunbergii var. satsumensis |
| サデクサ | タデ科 | イヌタデ属 | Persicaria maackiana |
| サトイソギク | キク科 | キク属 | Dendranthema × marginatum |
| サナギイチゴ | バラ科 | キイチゴ属 | Rubus pungens var. oldhamii |
| サネカズラ | マツブサ科 | サネカズラ属 | Kadsura japonica |
| サネブトナツメ | クロウメモドキ科 | ナツメ属 | Zizyphus jujuba |
| サボンソウ | ナデシコ科 | サボンソウ属 | Saponaria officinalis |
| サラサウツギ | アジサイ科 | ウツギ属 | Deutzia crenata f. plena |
| サラサドウダン | ツツジ科 | ドウダンツツジ属 | Enkianthus campanulatus |
| サラシナショウマ | キンポウゲ科 | サラシナショウマ属 | Cimicifuga simplex |
| ザラツキシラスゲ | カヤツリグサ科 | スゲ属 | Carex albidibasis |
| ザリコミ | ユキノシタ科 | スグリ属 | Ribes maximowiczianum |
| サルオガセ | サルオガセ科 | サルオガセ属 | Usnea longissima |
| サルココッカ | ツゲ科 | サルココッカ属 | Sarcococca confusa |
| サルトリイバラ | ユリ科 | シオデ属 | Smilax china |
| サルナシ | マタタビ科 | マタタビ属 | Actinidia arguta |
| サルマメ | サルトリイバラ科 | サルトリイバラ属 | Smilax biflora var. trinervula |
| サルメンエビネ | ラン科 | エビネ属 | Calantha tricarinata |
| サワオグルマ | キク科 | キオン属 | Senecio pierotti Miq. |
| サワオトギリ | オトギリソウ科 | オトギリソウ属 | Hypericum pseudopetiolatum |
| サワギキョウ | キキョウ科 | ミゾカクシ属 | Lobelia sessilifolia |
| サワギク | キク科 | サワギク属 | Senecio nikoensis |
| サワグルミ | クルミ科 | サワグルミ属 | Pterocarya rhoifolia |
| サワシバ | カバノキ科 | クマシデ属 | Carpinus cordata Blume |
| サワシロギク | キク科 | シオン属 | Aster rugulosus |
| サワダツ | ニシキギ科 | ニシキギ属 | Euonymus melananhus |
| サワハコベ | ナデシコ科 | ハコベ属 | Stellaria diversiflora |
| サワヒヨドリ | キク科 | ヒヨドリバナ属 | Eupatorium lindleyanum |
| サワフタギ | ハイノキ科 | ハイノキ属 | Symplocos chinensis var. leucocarpa forma pilosa |
| サワラン | ラン科 | サワラン属 | Eleorchis japonica |
| サワルリソウ | ムラサキ科 | サワルリソウ属 | Ancistrocarya japonica |
| サンイントラノオ | オオバコ科 | ルリトラノオ属 | Pseudolysimachion ogurae |
| サンカクイ | カヤツリグサ科 | ホタルイ属 | Scirpus triqueter |
| サンカクヅル | ブドウ科 | ブドウ属 | Vitis flexuosa |
| サンカヨウ | メギ科 | サンカヨウ属 | Diphylleia grayi |
| サンコカンアオイ | ウマノスズクサ科 | カンアオイ属 | Asarum trigynum |
| サンゴジュ | レンプクソウ科 | ガマズミ属 | Viburnum odoratissimum var. awabuki |
| サンシュユ | ミズキ科 | サンシュユ属 | Cornus officinalis |
| サンショウ | ミカン科 | サンショウ属 | Zanthoxylum piperitum |
| サンショウバラ | バラ科 | バラ属 | Rosa hirtula |
| サンショウモ | サンショウモ科 | サンショウモ属 | Salvinia natans |
| サンバガワフユザクラ | バラ科 | サクラ属 | Prunus x parvifolia cv. Parvifolia |
| サンヨウアオイ | ウマノスズクサ科 | カンアオイ属 | Heterotropa hexalob |
| サンリンソウ | キンポウゲ科 | イチリンソウ属 | Anemone stolonifera |
| シイノキカズラ | マメ科 | シイノキカズラ属 | Derris trifoliata |
| シウリザクラ | バラ科 | サクラ属 | Prunus ssiori |
| シオカゼノアザミ | キク科 | アザミ属 | Cirsium japonicum var. maritimum |
| シオガマギク | ゴマノハグサ科 | シオガマギク 属 | Pedicularis resupinata var. oppositifolia |
| シオギク | キク科 | キク属 | Dendranthema shiwogiku |
| シオクグ | カヤツリグサ科 | スゲ属 | Carex scabrifolia |
| シオザキソウ | キク科 | コウオウソウ属 | Tagetes minuta L. |
| シオデ | ユリ科 | シオデ属 | Smilax riparia var. ussuriensis |
| シオン | キク科 | シオン属 | Aster tataricus |
| シカクイ | カヤツリグサ科 | ハリイ属 | Eleocharis wichurae |
| シカクヒマワリ | キク科 | テトラゴノセカ属 | Tetragonotheca helianthoides |
| ジガバチソウ | ラン科 | クモキリソウ属 | Liparis krameri |
| シキミ | シキミ科 | シキミ属 | Illicium anisatum |
| シキンカラマツ | キンポウゲ科 | カラマツソウ属 | Thalictrum rochebrunianum |
| シギンカラマツ | キンポウゲ科 | カラマツソウ属 | Thalictrum actaefolium |
| シケシダ | イワデンダ科 | オオシケシダ属 | Deparia japonica |
| シケチシダ | イワデンダ科 | シケチシダ属 | Cornopteris decurrenti-alata |
| シコクカッコソウ | サクラソウ科 | サクラソウ属 | Primula kisoana var. shikokiana |
| シコクスミレ | スミレ科 | スミレ属 | Viola shikokiana Makino |
| シコクハタザオ | アブラナ科 | ヤマハタザオ属 | Arabis serrata var. sikokiana |
| シコタンソウ | ユキノシタ科 | ユキノシタ属 | Saxifraga cherlerioides var. rebunshirensis |
| シコタンハコベ | ナデシコ科 | ハコベ属 | Stellaria ruscifolia |
| シコタンヨモギ | キク科 | ヨモギ属 | Artemisia tanacetifolia |
| シシウド | セリ科 | シシウド属 | Angelica pubescens |
| シシオクマワラビ | オシダ科 | オシダ属 | Angelica pubescens |
| シシガシラ | シシガシラ科 | ヒリュウシダ属 | Blechnum nipponicum |
| ジシバリ | キク科 | ニガナ属 | Ixeris stolonifera |
| シシヤマイタチシダ | オシダ科 | オシダ属 | Dryopteris bissetiana |
| シシンラン | イワタバコ科 | シシンラン属 | Lysionotuspauciflorus |
| シセントキワガキ | カキノキ科 | カキノキ属 | Diospyros cathayensis |
| シソクサ | ゴマノハグサ科 | シソクサ属 | Limnophila chinensis subsp. aromatica |
| シソバタツナミソウ | シソ科 | タツナミソウ属 | Scutellaria laeteviolacea |
| シダレヤナギ | ヤナギ科 | ヤナギ属 | Salix babylonica |
| シチトウエビヅル | ブドウ科 | ブドウ属 | Vitis thunbergii Sieb. et Zucc. var. izu-insularis Tuyama |
| シチトウスミレ | スミレ科 | スミレ属 | Viola grypoceras A. Gray var. hichitoana (Nakai) F. Maek |
| シチョウゲ | アカネ科 | シチョウゲ属 | Leptodermis pulchella Yatabe |
| シデコブシ | モクレン科 | モクレン属 | Magnolia stellata |